北宋灭南汉后，于开宝五年（972年）徙崖州于振州、遂废振州，以原崖州所领舍城、文昌、澄迈等县并入琼州。岛上的儋、崖、万安3州地狭户少，常以琼州牙校典治，后又改此3州为军。至道三年（997年）琼州隶属于广南西路。大观元年（1107年）宋朝一度在黎母山心夷（指黎族）峒中设置镇州（在今东方县昌化江流域），升为都督府。南宋在岛上置塞设戍，并从黎族中招募“峒丁”，助官军防守。通计宋代在海南岛上共设1州3军10县。
元朝至元十五—十六年（1278—1279年），招降海南岛四州（军）之后，置海北海南道宣慰司，其治所在雷州（今海康县），改琼州为琼州路（后又改为乾宁）军民安抚司，其余岛上三军（南宁、万安、吉阳）为宣慰司统辖。海北海南道宣慰司隶属湖广行省。据《元史》记载：至元二十九年（1292年）元朝以海南新附四州（黎）洞寨519、民2万余户，置会同、定安二县，隶琼州；天历二年（1329年）又将定安县升为南建州。元朝的统治已向南渡江、万泉河的支流推进。元军的兵力深入五指山区，武力征伐黎峒，至元二十八至三十年（1291—1293年），“归附”的黎峒626个，户口47000余，占当时全岛总户数的51%。东方、乐东、定安县境还留有“大元军马到此（下营）”等石刻，以炫耀其武功。
元湖广行省根据“海南海北多旷土”的情况，于至元三十年（1293年）设置“镇守黎蛮海北海南屯田万户府”，招募民户及新附军组成，统十二翼（后增为十三翼），每翼设千户所。《元史》记载：海南屯田面积29298亩，约占整个万户府屯田总数的52%强。元统二年（1334年）又在海南设置湖广黎兵屯田万户府，统千户13所，每所兵1000人，屯户500，皆土人为之，官给田土、牛、种、农器，免其差徭。黎兵屯田万户府与黎峒千百户的头目皆为黎族酋领担任，使黎族土官制在元代得到迅猛发展。
