到了明代，伊斯兰教终于有了比较固定的称呼 “回回教门”、“回回教”，或略称之为“回教”。从此，中国把伊斯兰教称？“回教”。
朱元璋是以“驱逐胡虏，恢复中华”相号召而开展反元斗争的。他本人当过和尚。朱明王朝建立以后，初期的政治气氛对于作为“色目人”主要成员穆斯林显然是不利的。洪武元年（公元1368年），太祖颁布诏布，“复衣冠如唐制”，禁止辫发、椎髻、胡服、胡语、胡姓。明初还曾明令禁止闽南蒲寿庚后代入仕为官。蒲寿庚系穆斯林，宋理宗年间（公元1225－1264年），授泉州提举市舶（相当于今海关总署长）。入元后，因助元灭宋有功，曾官至江西行省左丞。朱元璋建明朝以后，因以蒲寿庚为代表的闽南穆斯林曾帮助元朝统一中国，朱元璋借此复得分复仇，致使这一带的穆斯林从此衰落，被同化。《明律》规定，色目人不得同类自相嫁娶，如果违犯，打80杖，男女入官？奴。这条规定似乎难以贯彻，但它表明统治者较前不同的一种政治倾向。
在经济上，明初推行重农政策。这使历来以经商为业的中国穆斯林受到歧视。农民之家可以穿绢纱，而商贾之家只许穿布衣。
明朝实行严厉的海禁。成祖继位，布告天下25条施政纲领，其中有一条就是实行海禁。对于外斩朝献，明政府也予以限制，有的规定三年一贡，有的规定五年一贡，而且人数有定额。“自是朝贡遂稀”。这不利于中国伊斯兰教同伊斯兰世界的联系。
在农民义军推翻元朝统治的时候，元宗室退回漠北。可以想象，穆斯林退到漠北的也不会少。那些留居下来的穆斯林，由于社会地位的改变，外部压力的加大，内聚力增强了。于是，回族开始形成。回族的形成是中国伊斯兰教发展史上的一个里程碑，具有重要意义。随着回族的形成，中国伊斯兰教有了一个坚实的社会载体。
回族的形成是散点式的，多族源的，多地源的。就族源而言，回族先人包括阿拉伯人和波斯人等中亚人，在形成过程中，还大量地融进了汉、蒙（主要是汉）等族成分。就地源而言，回族并不是在某一地区形成后而散居全国的，在形成时就是多地源、散点式的，西北、中原、东南、云南、海南都是回族发祥地，这些地方的回民相互之间几乎不存在血缘的、经济的联系。现在，泉州、海南、中原地区一些回族家族的族谱一直追溯到元代，是元时由国外迁入当地的。而海南的一些回族家族，据史书记载其迁居此地又可上溯到宋代，来自古占城者居多。这是回族形成时的最大特点：散发式。那？，他们形成民族时的共性是什么呢？一句话，是伊斯兰教。而这个民族在后来的发展中把汉语作为共同语言，则是回族的另一个特点。
唐、宋、元留居中国内地的穆斯林是形成回族的基本成分。在回族形成的过程中，伊斯兰教起了决定性的作用。而回族的形成又促进了中国伊斯兰教的发展。
