苗族人民在长期的生产活动和与疾病、伤害作斗争的实践中，积累了丰富的、宝贵的医疗经验，成为我国传统医药宝库中的一部分。苗医对病因的认知和对疾病的命名、分类等，皆具有浓厚的民族特色，并体现了一定的规范性。
一、病因
苗医认为人体患病与不良的自然环境、气候有很密切的关系，他们认为日、月、寒、暑、风、霜，雨、露、雾都可酿制风毒、气毒、水毒、寒毒、火毒等毒气侵犯人体而致病；另有饮食不调、意外伤害、劳累过度、房事不节、情志所伤、先天禀赋异常等也是导致各种疾病发生的重要原因。
二、对疾病的命名及分类
苗医对疾病的命名具有朴素、生动的形象思维特点，他们根据疾病外观征象，多以动、植物形象、声音、金属色泽等取类比象命名，如双上肢抽搐象鹞鹰闪翅的叫“鹞子经”，膝关节红肿发亮、形如猫头的叫“猫头证”，色形如高梁的“高梁痘证”，色泽如铜、铁的“铜疗”、“铁疗”等。另有以主症、病因、病变部位命名或互为结合命名的，如“米黄证”、“雪皮风证”、“寒风经”、“白口菌”、“男色证”，“月家乐证”等。在苗族医生中流行着“病有一百单八证”的说法，但因地域及分支的不同，有将一百单八证分解为“三十六经、七十二证”、有叫“三十六证、七十二疾”、或称“四十九证、四十九翻、十丹毒”，据说这些数字只是为了应一百单八的概念，并非确切的定数。一般来说，苗医是根据各种疾病的某些共同属性而将疾病进行归类，分为经、证、翻、龟、小儿胎病、新生儿抽病、丹毒、疔、癀、花、疮等类。
1、经类
凡以发病急骤、病势险恶，并以发热、抽搐、昏迷或疼痛为主症的一类疾病大都归为“经”类，如36经有：仙麦经（马牙经），麦坐经（走马经），替谬经（鱼肚经），录慕经（录慕经），渣太经（天吊经），代替经（肚腹经），独经（迷沉经），翻斗经（脚翻经）、闹青经（心经）……等。操黔东方言的苗医称尚有7经病：学嗯（扯经）、衣批嗯（半边经）、哑嗯（哑经）、读嗯（火经）、生嗯（冷经）、哈嗯（快经）、干嗯（慢经）。
2、证类
凡以疼痛、吐泻、发热、咳嗽、出血、痘、疹等为主症，或某症状单独出现，或几个症状同时出现的各种疾病，苗医将这一类疾病归为“证”类，如72证有：巴鼓干证（公鸡证）。沙谬证（青沙证）。昏拓证（头瘟证）、能钢证（钢蛇证）、沙体证（红沙证）。代公证（狗心证）、布容证（羊毛证）、巴转证（摆子证）、豪指证（黄病心）、孟朱替证（水臌证）等。操黔东方言的苗医补充了常见证如拿约证（黄鳝证）、嗯栾证（迷经证）、爱我证（乌鸦证）、胡西证（缩筋证）……等二十多种。
3、翻类
因在烈日下久晒，或感受瘴岚秽浊之气所致的各种急证，如口鼻出血、心腹疼痛、厥逆吐泻、昏迷痉厥等，并伴见某种动物形态动作的，苗医统称为翻，包括朱砂翻（朱砂翻）、心经疔翻（心经疔翻）、巴古翻（乌鸦翻），代构翻（狗翻），界构翻（白眼翻）、大能翻（蛇翻）、松拿翻（哑巴翻）、姑宝姐翻（蛤蟆翻）……等49种。
4、胎病
农村小儿中，常见因营养不良或微量元素缺乏所致的消瘦神疲、毛发干枯、厌食好哭、哭声细微、夜眠惊惕等症，苗医根据其不同见症及哭声称为小儿12胎病：胎麦（马胎）、胎育（牛胎）、胎容（羊胎）、胎干（鸡胎）、胎构（狗胎）、胎板（猪胎）、胎忙（猫胎）、胎诀（金胎）、胎呕（银胎）、胎崩（花胎）、胎奈（人脸）、胎慢（猴胎）。
5、抽病
是初生小儿最常见的一类对各种有害环境不适应性或过敏性疾病，主要表现为身热面黄、烦躁啼哭、吐奶厌食、喷嚏流泪、指纹色紫等，根据病因及表现不同而有不同的抽病，最常见的有
以下几种：几朗抽（日抽）、巧抽（烟抽）、靛抽（靛抽）、都抽（木抽），此外尚有月、露、风、雨、人、畜、水而致病者，但较为少见。
6、丹类
本病发病急骤，初起有发热、恶寒、头痛、骨节痛、恶心等全身症状，继而出现皮疹，皮疹略高于皮肤，色红如涂丹，边缘清楚，表面光亮灼热，其大如掌，继而扩散，甚者遍身，或痒或痛，发无定处，根据其初发部位及扩散路径不同，苗医将其分为10丹毒：昼买丹（飞灶丹）、昼买松丹（走灶丹）、昼麦丹（鬼火丹）、昼真度丹（天火丹）、昼汁斗丹（天灶丹）、昼卡煮丹（水丹）、昼替丹（葫芦丹）、昼劳丹（野火丹）、昼保斗丹（烟火丹）、昼漏丹（壶漏丹）。
7、癀类
初起患部肿痛，继而向深层和周围扩大，形成大片红肿热痛的硬块，四周漫肿，伴全身寒热症状。常见有读仿（火癀）、欧仿（水癀）、恨松仿（巴骨癀）节。
8、花类
多因癀类失治误治而来，后期皮肤红肿溃烂、腐肉外翻突起，其形如花状，此时多伴有人体消瘦，面色苍白，食欲不振，低热等全身症状，因其病灶发于某处而名某花，如哥巫榜（奶花）、骨汁榜（背花）、娘榜（坐花），另有一些不是因癀失治而来，只因其病灶如某种物体开花状，或呈现某种花纹而得名，如蜡榜（蜡烛花），讲姑买榜（萝卜花）等。
9、疔类
是一种急性皮肤传染性疾病，因其病灶形小根深，顽硬如钉而得名，好发于人体暴露部位，如头面及四肢末端，并伴有寒战高热、烦渴引饮，甚则昏迷谵语。本病发病急骤，病情凶险，不急治则死。根据疔发特点，有样干不公（飞疔）、欧干不公（水疔）、那干不公（干疔）、读公（火疔）、倒公（铜疔）、哨公（铁疔），此外根据发生部位不同还有节骨疔、箍颈疔、手板疔、脚板疔等。
10、疮类
指病灶表浅的一类皮肤病，据其不同性状及发生部位有：读万泼（火旋疮）、干纽泼（白口疮）、哥巫泼（乳疮）等。
11、龟类
是长在腹内形似龟背的各种包块。包块质软，按之消失，起手复现，聚散无常叫崩播（气龟）；质较硬，按之不消叫向播（血龟）；按之坚硬如石叫衣播（石龟）。包块圆而无角属阴叫“母龟”，圆而有角属阳叫“公龟”。
据统计，苗医掌握病种有200余种，广泛涉及到内、外、妇、儿、神经、精神、骨伤、皮肤、寄生虫及各种传染病、流行病等，其归类方法自成体系，并具有一定的科学性及规范性。但因地域不同，方言有别，各地苗族医在疾病命名、证治上有不尽相同之处，有同名异症、同症异名的现象，如：同叫“飞蛾证”，湘西方言的“飞蛾证”其临床表现是发热、鼻翼煽动、咳嗽气急、胸痛等；黔东方言的“飞蛾证”临床表现是发热、扁桃体红肿疼痛等。又如黔东方言的“雷公证”是头部剧烈疼痛，以戴帽一圈尤甚，而湘西方言之“雷公证”则是以胸痛、咳嗽、吐血等为其主症，“同名异症”者治法迥异。另有“同症异名”者，如同样表现为好食生米、面色萎黄、浮肿乏力的，湘西方言称为“米黄证”，黔东方言称为“黄肿病”；同样表现为口干舌燥、多食多饮、腹胀大而形体消瘦者，有的地方称“鱼肚经”，有的地方称为“水证”，“异名同症”者其治疗方药一般是相同或相似的。
