毛南族历史悠久。“毛南”之称源自地名，最早见于宋代周去非所着的《岭外代答》一书，当时“三南”地区被称为“茆滩”。以后史藉碑刻中又有“茅滩”“茅难”“茆难”“冒南”之类同音异字之类记载。谓此地人为“茅滩蛮”。
毛南族的民族源流，以往很少人研究，目前学术界以及在毛南族群众中持有两种不同的说法。一是外来说，认为毛南族的祖先是分别从湖南、山东、福建等地，因作官、避难或经商而来到广西毛南地方的。二是土着说，认为现在毛南族居住的地方，自古以来就有少数民族居住，毛南族是由当地的土着民族发展而来的，但也融合有外来的民族成分在内。
毛南族的先民，秦汉时为古“百越”族的一支“骆越”人；隋唐时被称为“僚”人的一部分；宋元从“僚”分流，与侗水语组诸民族被统称为“伶人”；明清时，由“伶人”的一支同一些外族结合衍成毛南族。他们自称为“哀南”(单称)和“窘南”(众称)，即“毛南人”的意思。1956年经中央人民政府组织专家调查识别，确认为“毛难族”。1986年国务院应毛南族人民的请求，定为“毛南族”。
社会历史为变迁唐代之前很长历史时期，史称“三南”及其周围广大地区为“蛮地”。唐贞观13年(公元639年)，封建王朝于该地设环州，辖八县，“三南”隶属于其中的思恩县。其后，它所属的州、府、乡有些变更。1953年，思恩县与宜北县合为环江县，先后归属广西宜山、柳州、河池地区。今为环江毛南族自治县。
毛南族滞留在原始公社社会时间很长，迟至明末清初才完全解体，进入封建社会。1949年她同全国兄弟民族一起，共同进入新民主主义及社会主义社会，在政治、经济、文化等各个方面都发生了极其深刻的变化。
