阿克巴的父亲胡马雍，从父亲巴布尔那里继承了一个庞大的、极不稳固的军事帝国。巴布尔死后，帝国分裂。1539年，胡马雍被比哈尔的阿富汗人打败，向西撤退。1542年10月15日(一说11月23日)，途经阿马尔科特(在今印度拉贾斯坦境内)时，阿克巴出生。当时胡马雍已被放逐，阿克巴寄养在喀布尔的叔父家里。阿克巴幼时未受到良好的教育，但他却锻练了一付强壮的体格，1555年，胡马雍夺回失去的德里王位。宣布阿克巴为合法继承人，并指派他为旁遮普总督，以大臣培拉姆汗等人作他的保护人。1556年1月，胡马雍死，德里被阿富汗人喜穆夺去。2月14日，在培拉姆汗等人的帮助，在卡拉瑙尔的一个花园内举行阿克巴登极典礼。13岁的阿克巴遂成为印度国王。然而，这个国王只是名义上的，大权掌握在保护人手中。而且北印度大部分地区还在阿富汗人统治之下。
1556年，阿克巴和培拉姆汗向德里进军，企图消灭喜穆军队。当时双方力量对比悬殊：喜穆有骑兵5万人，战象1000头，大炮51门；莫卧尔军仅有骑兵1万人。但莫卧尔军却有一支由优秀弓箭手组成的射骑队。1556年11月5日，两军在德里北90公里处的帕尼帕特发生激战。30年前阿克巴的祖父巴布尔曾在此大败阿富汗人，因而这次战役被称为第二次帕尼帕特战役。战斗开始时，莫卧尔军因受喜穆的战象猛力冲击，显得有点慌乱，但莫卧尔军的“侧翼进攻”的方法很快发生了效力。射骑队也发挥了极大的作用。战斗结果，喜穆军死伤惨重，喜穆本人也中箭被俘。据说，当喜穆被带到阿克巴面前时，培拉姆汗请求将他杀死，阿克巴不同意。于是培拉姆汗抽出自己的宝剑，砍下了喜穆的头。第二次帕尼帕特战役的胜利，使莫卧尔军威大振。
阿克巴攻占了德里。不过，这时莫卧尔人的势力还仅限于德里和亚格拉两座城市以及奥德一部分地区。阿克巴的保护人培拉姆汗，曾为阿克巴立下汗马功劳。但他专权骄横，残酷迫害非伊斯兰廷臣，受到群臣反对。逐渐成长起来的阿克巴也越来越不愿受到他的束缚。1560年3月，阿克巴采取果断措施，宣布解除培拉姆汗的宰相职务，亲自掌握大权（对比康熙除鳌拜）。然而，他毕竟十分年轻，还不得不任用一批旧伊斯兰贵族和印度教徒官吏管理行政和军事。由于这批人之间矛盾很大，因此在罢黜培拉姆汗之后的几年里，宫廷斗争十分激烈。阿克巴巧妙地处理了贵族之间的争斗，逐步发展自己的势力。1562年，他开始亲自处理行政、军事大事，确立了他作为一个专制君主的统治地位。
