中业撒尔塔人迁居东乡与成吉思汗西征有关。公元13世纪20年代末，成吉思汗“征撒尔塔兀勒儿七年”，撒尔塔军匠、商人、工匠、传教士等被“签发”东迁，主要迁往河州东乡一带屯戍、做工。元初，在许多地方随路建立“诸色人匠”，有铁、银、毛、毡、皮、染等，至元二十五年（公元1288年），在当时属宁河所辖的东乡部分地区集中了不少铁匠、皮匠、编织匠、银匠、碗匠等工匠，直接归宁河工匠达鲁花赤管理。统辖于安西王阿难答及其皇室，把手工业者编人“匠籍”，匠籍世袭，父亡子替，有籍经营视为合法，无籍务工就地取缔。这些工匠居住集中连片，其地名免古池、伊哈池、阿娄池、坎迟池、阿拉松池、托木池等遗址传及至今。巴素池是镇守官居住的地方。东乡地区大量的奇僻地名与中亚撒尔塔地方地名与部落名相对应。如东乡的甘土光、纳伦光、洒勒、库麦土、胡拉松、乃蛮、锁合土分别与中亚不花刺、撒马尔罕等地区的干土城、纳伦城、撒里普勒、土库曼、呼罗珊、乃蛮、锁合水等地名相同或相似。《河州志》也有记载：“考奇名于地名，与大夏西西通”。至今有一些家族流传着祖上来自阿拉伯、波斯、中亚一带的说法，现在东乡族姓马、买、牙、丁、胡、卡、妥、包、驼、旦、坡、巴、白、朱、仓、龙、固、康、肖、瓦、吃、色等奇异族姓的人，自称从西域而来的撒尔塔人。元代，有哈木则为首的40个传教者和阿里阿塔率领的8个赛义德，曾来河州东乡传教。其中有14人定居东乡，葬于东乡，其葬地拱北一一可知，其后裔分布在东乡高山、达板、坪庄、龙泉、那勒寺、汪集、沿岭等地。近来遗传工程学家对血型研究，东乡族血型频数顺序为B>A>0，与中亚一带民族相吻合，而有别于蒙古和居住甘、宁、青一带的其他民族。从人种学研究，东乡族大部分人的外貌特征与中亚人相似，大胡须、高鼻梁、蓝眼睛、深眼窝。东乡人也带来了中亚人的文化继承，如善工艺、重商贾、宗教信仰、风俗习惯的相同相似的特点。东乡人由于各种原因，往往有大规模迁徙，迁徙地带主要在新疆伊犁等曾称为西域的中国西北部边缘，有整村迁徙，有家族迁徙，在伊犁有不少族成村落、村成村落的地区。其原因除贫困驱使之外也有一种怀故心理。
早在明末清初，东乡族人民就积极参加了以米刺英、丁国栋为首的农民起义。起义军一鼓作气攻下凉州、兰州等地，接着又向临洮、河州等地进兵。以闵塌天为首的东乡族起义群众和回族起义军一道，攻克临洮，杀了临洮城内的官僚和地主豪绅，并攻占了河州城。东乡族人民与起义军各族将士一起，并肩作战，给清王朝以沉重打击。
乾隆四十六年（公元1781年），在青海循化爆发了以苏四十三领导的撒拉族人民起义，东乡族人民奋起响应。起义开始，就杀了到当地巡查的官员，乘胜攻取了河州，并取道东乡进攻兰州。起义的撒拉族群众到达东乡地区时，得到东乡人民的热烈欢迎和支持。东乡各地区的群众纷纷参加了撒拉族的起义队伍。清军在连续遭到起义军的打击后，从各地调来军队进行镇压。由于力量悬殊，起义军全部壮烈牺牲。起义失败后，清廷借口“办理善后”，对撒拉族和东乡族人民进行了疯狂的镇压及屠杀。并且拆毁了新教的清真寺，禁止当地教民念经。
1892年，甘肃严重干旱，粮价飞涨，人民生活困苦，清朝的民族压迫政策和勾结汉族地主实行歧视、剥削、压迫，使人民忍无可忍，从而引起了1895年（光绪二十一年）的反清暴动。
1894年循化撒拉族马右古禄棒、韩老四等因教派纠纷，聚众械斗。清朝统治者有意挑拨民族团结，利用汉族地主武装进行镇压，事件迅速扩大，遂形成一次反清暴动。东乡族人民在闵福英的领导下，也起而响应。在起义军的打击下，清兵河州镇总兵汤彦和兵败于双城。清政府命令固原提督雷正绾率兵往剿，同时命马福禄奉命募兵成立“安宁营”任管带，随兰州道尹黄云等从北路进兵。在各路清政府人马的剿杀下，历时一年多的河湟地区反清斗争遂被镇压。
