阿宗寺始建于公元十六世纪中叶，最初的名字叫则康玛（红顶殿），在今理塘县境内，由第三世达赖喇嘛索南嘉措赐地与信物，扎西奔兴建。若干年以后，噶妥寺转世活佛本鲁，住锡于此，寺院亦随之而成为噶妥寺的属寺。后来，本鲁移住宗义寺DRung-Yig-dGon-Pa（今白玉县麻绒乡境内），寺院亦随之迁移。
本鲁圆寂后，白˙桑结扎西sBas-Sang-rGyas-bKra-SHis继任寺主，因白˙桑结扎西弟兄五人名字中都有“扎西（汉译义“吉祥”）”二字，又都是转世活佛，家里一个名叫卡格KHa-dGe （汉语义“善嘴”）的佣人惊喜莫名，连呼“阿察木（汉译义“希有”）！阿察木！真是‘阿宗布(十全十美)’”，此后人们都管喇章bLa-BRang（上师的房子）叫“阿宗”。这就是阿宗寺寺名的由来。
白˙桑结扎西的转世活佛仁增青波Rig-`aDZin-Chen-Po是一位掘藏大师，曾担任过德格土司的国师，他在昌曲河下游的深山中新建了更古雅玛厅rKe-`aGu-Ya-Ma-Thing寺，传法授徒，名重一时。当时，寺院常住僧众有500多人，领有附近的萨迦、宁玛好几座属寺，是昌台地区最大的寺院。 仁增青波的转世为仁增˙卓堆巴沃多杰，即第一世阿宗˙珠巴活佛。仁增˙卓堆巴沃多杰，先在冬热神山对面的山谷中修建了彭措噶察PHun-TSogs-dGa`a-TSal（汉译义“圆满极乐园”）,后又修建了奥莎梯确林Aod-gSal-THeg-mCHog-gLing（即今天的阿宗寺）。
仁增˙卓堆巴沃多杰的儿子甲色活佛久美多杰担任寺主的时候，阿宗寺已基本上具备了现有的规模，拥有大经堂、印经院、讲经院、佛学院等设施。
文革及十年动乱期间，阿宗寺和其他寺院一样遭到了毁坏，许多珍贵的木刻经板散失殆尽。改革开放以后，从上世纪八十年代开始，第二世阿宗˙珠巴活佛多方设法恢复修缮，经过近二十年的努力，修复了佛学院，并添置了许多经书佛像，增刻了部分经板，使阿宗寺重新焕发出了勃勃生机。
