瑶药根据传统、药用部位、性状功效等作为命名依据。
根椐不同药用部位瑶语命名：盘语称草力“味”，木（树）为“亮”，藤为“美”，果为“表”、花为“绑”，块根为“台”等。据瑶医“老班药”按其功用、生存环境、生态命名：有“五虎”、“九牛”、“十八钻’、“七十二风”之称。如“大接骨风、“刺手风”等。
根据植物形态命名：如“红帽顶(红背山麻杆)”、“鸡穿裤”(仙鹤草)等。
根据药材性状命名：如“枰托藤”(两广猕猴桃)、红丝线（茜草根)等。
根据药物功效命名：如“十全大补”（假木通）、拾板救(鸡骨香)等。
