随着蒙医学的不断发展。蒙医内科也逐渐得到了完善，最早成为一门独立的学科，该学科主要以研究“六基症”和脏腑病为主，它的任务是研究和掌握疾病的共同特点和一般规律，以防治疾病的一门重要学科。在蒙医各临床学科里占有重要的位置，在预防和治疗疾病中起着无可替代的作用。
蒙医内科学包含的内容很广，疾病的种类也繁多，包括基本病(基症)、脏腑病、慢性病、脉管病、神经病、杂病、中毒症、老年病等8个方面的内容。因为篇幅所限，仅对各时期发展进程及基本病症进行简要剖析。
蒙医内科学的形成时期
在唐代中医学名著《千金要方》中记载有治疗寒症的“匈奴露宿丹”，经科学考查，这是蒙医内科学寒热两大病症理论产生的萌芽时期。约在元代有了有关三弊和脏腑病的知识。当时古代印度佛教巨著《金光明最胜王经》被译成蒙文，其中的医学思想即“风（赫依），胆（希拉），痰（巴达干）”理论，传播于蒙古地区，这些对当时的蒙医内科学产生了推动作用。蒙医们可利用草原上独特的“羊骨汤粥，温胃健脾朴肾”，“驼肉驱风寒治筋骨滋肤肌”，还利用驼峰治正精衰弱之风疾，酸马奶治疗肺、胃病等，有的今日还广泛沿用.酸马奶就是其中之一。
16世纪西藏名医宇妥元登贡布著的《四部医典》传人蒙古地区后，蒙医学在原有的基础上，又进一步吸收汉藏医学精华，逐步形成了较为全面的蒙医内科学。
