蒙族医药是以蒙古民族长期同疾病作斗争中所积累的传统医疗实践经验为基础，吸收藏医及印度医学的部分基本理论和汉族医学的知识，在朴素的唯物论和自发的辩证法思想影响和指导下，逐步形成的独特的民族医学，它把人体看作是一个对立统一的有机整体，从宏观的角度来研究人体动态的各种内在联系，从而阐明生命运动的基本规律。在临床上，它主要采取综合、分析和判断的方法对疾病进行诊治。
蒙医药理论体系的显着特点是：以阴阳五元学说哲学思想为指导的整体观和对六基症的辨证施治。六基症理论把引起疾病的主要原因归纳为“赫依、希拉、巴达干、血液、黄水、粘虫”等六种。把疾病的本质归纳为寒热两种，把发病部位归纳为脏腑、黑脉、白脉、五官等。
蒙医理论明确指出，发病本身的内在条件是指三根七素，即内因，致病因素指外界因素，即外缘。在正常情况下，三根七素各有特点，自具其能，密切联系，共同担负着人体正常生理功能活动，保持对立统一的相对平衡状态。这是人体健康的基本原因。在各种致病因素的影响下，三根出现偏盛偏衰等反常状态而失去平衡时，就产生疾病，这是病理活动的基本原因。三根七素是人体进行生命活动的能量与物质基础，并且也是产生一切疾病的根本因素。对于人体生理功能和病理机制，均以三根的生成变化为理论根据。近代蒙医将发病的根源归纳为赫依、希拉、巴达干、血液、黄水、粘虫6种，它是疾病发生的内因，并由此引起的疾病称为六基症。
