元代一统天下，将国内民族分为四等，即蒙古人、色目人、汉人及南人。穆斯林则是色目人中的主要分子，他们往往与蒙古人享受同等待遇，无论在法律上或事实上都优于汉人，同时在元代“回回”一名开始代替“大食人”，被人们认为信仰伊斯兰教者的名称。如此则为阿拉伯医药的广泛深入传播与兴盛打下了良好的政治基础，且元人统一中国之后，继续奉行南宋时的海外贸易政策，推行少数民族医药共存的方针，回回医药在此得以兴旺发达。
元初，在元朝政府中设有相应的医药机构。元世祖即位后效法汉制在建立太医院之后，于至元七年（公元1273年）改回回爱薛所立京师医药院为广惠司。据《元史·百官志》说：“广惠司秩正三品，掌修制御用回回药物及和剂，以疗诸宿卫士及在京孤寒者”。至元二十九年（公元1291年）先后在大都、上都建立“回回药物院”；至治二年隶广惠司，定置达鲁花赤一员，大使二员，副使一员。
金元之际，西域技术之士，医家之流多入仕于元，如爱薛、答里麻等。
由于元代统治者对阿拉伯药物高度重视，元代阿拉伯人在当时政府中的医药机构里占极大势力、广惠司是回回医家的大本营。
另外还有一些祖籍西域，生于中国，精通汉、回医药的学者，如元末著名学者丁鹤年，为虔诚的伊斯兰教徒，工儒学，通奥义，精诗律，是一位善兼医术的人。又如元末明初杭州的穆斯林大商人鄂施曼乃的子孙曾设立豪华的私人医院，取名“鄂施曼尼雅”，聘有回回医生从职。陶宗仪《南村辍耕录》所记，不乏不知姓名的回回医官为百姓治病的事例。
金元之际医学文化领域学术活跃，百家争鸣，中医界出现了金元四大学派，回回医药文化此时也发展到鼎盛时期，涌现了与回回药物院有关的、集阿拉伯医药学与中国传统医学为一体，具有中国回回特色的医药大型综合性医著《回回药方》等专著。
