元代，是普米族人口迁移和发展的重要阶段。宋宝佑元年（公元1253年）秋，忽必烈率大军南征大理，途经普米族居住地西昌。盐源、宁蒗等地，蕃城郡王和沿途居住的西番头人首先归顺，并率步骑兵充当前锋。拥有良马，长于骑射的普米族人因作战英勇，深得忽必烈嘉奖，沿途攻取的关塞多由西番兵留守，因而，普米族居住地域又向金沙江西延伸到兰坪。维西、丽江等地。
清余庆远《维西见闻录》载“巴直，又名西番，亦无姓氏。元世祖取滇，渡自其宗，随从中流而亡至此者，不知其为蒙古何部落也”。这则史料所述，就是普米族随蒙古军南征大理之事。因普米族人是中途加人蒙古军队，便被误认为来自蒙古族的某一部落。
