毛南族信仰多神多教。明末之前，以信奉原始宗教为主。
清初，正一派道教传入毛南族聚居区，开始几种宗教同时流行。以后，道教在同毛南族文化，尤其是原始宗教、文化及其他民间信仰的合流中，占据了主要地位，形成以敬神跳神（还愿）为主的所谓“武教”，以打斋送终为主的所谓“文教”，以及由两班人马合作的水陆道场。
掌管敬神法事者，毛南人称为“博套”，即师公；掌管送终法事者叫“先生”，即道士。第三种是专司驱鬼招神的巫师，称为“匠暮”，其余是降神法童、风水先生、鬼谷先生（兼占卜等）。前三种，他们各有一套经书，如师公有唱本诵词（巫语）；道士有《开路歌》、《挽歌》及佛经；巫师有巫语集。师公的诵词多为长短句，歌词有三、四、五、六、七字句，极少数不等的长短句。道士的唱词有五言句并七言句，经书的句式则长短不一。这些唱词、经书和巫语有相当一部分属韵文，讲究格律，同毛南族的民歌民谣有千丝万缕的关系，它们的形式、唱曲为群众喜闻乐听。其书写文字，大部分用汉字直书，一部分用假借字。诵唱时，师公与巫师多用广西宜州市德胜乡汉语方言，兼用毛南语和壮语；道士用广西柳州普通话，唱词用毛南话。近百万字的唱词、经文及巫语，不只含有大量的宗教资料，传统的韵文与散文作品，而且保存了许多民俗、历史并语言文字方面的材料，文化内涵十分丰富。
1941年，基督教开始在一些乡村建立教堂或传教点，至今先后有200余名教徒，活动不甚正常。另外有极少数人于阴历每月的初一、十五日焚香跪拜观音菩萨。
