赫哲族是具有悠久历史的民族，其远祖早在上古帝舜时是息慎的组成部分，亦称肃慎、稷慎。在上古时期，肃慎就和中原各代王朝有了往来关系。二千余年之后，到了汉魏时改称“挹娄”，南北朝时谓之“勿吉”。这种时断时续和中原各代王朝所保持的朝贡关系，增时了对中原地区政治、经济、文化的了解，促进了古肃慎地区民族经济、文化事业的发展。
隋朝开皇中，称勿吉为，分为七部，其中两部最大，一部为粟末部、一部为黑水部。黑水到唐初已形成庞大的联合体，是黑龙江流域以东达东海滨地区的一大势力，和中原王朝一直保持密切的联系。唐开元十年（公元722年）黑水首领倪属利稽到长安朝贡，唐玄宗封他为勃力洲刺史，洲治所在乌苏里江的伯力（今俄罗斯哈巴洛夫斯克）。这是中原王朝首次在黑龙江流域建立地方行政机构，实施对这一广大边疆地区的管辖。
在唐初乘唐朝北伐高丽之机，黑水势力迅速扩大到松花江中游、牡丹江、乌苏里江流域。唐朝很重视对这一地区的管辖，开元十二年（公元724年），在黑水设置黑水军；开元十四年（公元726年）置黑水府，各部落设洲、置刺史，由部酋任之；开元十八年（公元730年）倪属利稽等十八人到长安进贡，授他为中郎将。
公元926年，辽朝北上推翻了勃海政权，将其置于统治之下，称为女真，后避辽兴宗之讳，改称女真。又因虑女真为患，耶律阿宝机以诱诲之策，迁徙其豪右强宗数千户于辽阳之南，以分女真之势。契丹王朝将其南部称**真，纳入契丹籍，在其北方的称为生女真，未入契丹籍。
契丹王朝对女真各部人民压榨十分厉害，因而激起女真各部的反抗，公元1115年，女真各部在其首领完颜阿骨打率领下，推翻了契丹王朝，建立金国。金在五国部所属区域置胡里路，亦称呼尔哈路（以牡丹江古称呼尔哈河得名），建立了较完备的军政合一的机构。在黑龙江下游设合里滨千户，斡可怜千户。在顿顿河口（哈尔芬河）设哈洲，在亨滚河口附近设奴尔干城，在一些较大的部落设立“谋克”，这是基层军政合一的准军事组织。1982年在桦川县境马虎力山南侧，出土了一枚铜印“恼温必罕合扎谋克印”，印背一侧刻上“上京行部造”，另侧刻文“真佑三年四月日”，是金（宣宗）完颜氏真佑三年（1215年）颁发的。正是这些自上而下的组织，有效地管辖黑龙江以北和乌苏里江以东广大地区。胡里改路所属地区是金朝的大后方，被视为可靠的后院。赫哲族先世与金朝各氏族彼此相处融洽。
元朝很重视对东北地区的管辖，在黑龙江入海口处奴尔干城设征东元帅府，辖黑龙江、乌苏里江、东北广大地区。元朝在松花江下游赫哲族较多的地区，即原胡里改路，设水达达路（亦称砚达勒达），又分设五个万户府，即桃温（今汤旺河口附近）、胡里改、亦称呼尔哈（今依兰县境）、斡朵怜（今依兰镇对岸）、脱斡怜（在今梧桐河口处）、悖苦江（今富锦县城附近）万户府，分领松花江下游、混同江两岸广大地区。元朝对黑龙江下游出海口地方极为重视，除派兵三千设置“女真水达达及乞列滨地合贪镇守军”管辖外，并在桃温万户府（今汤旺河口处）大量造船，开通水运交通干线，促进了这一地区经济文化的发展。
水达达是指地区性或沿江而居的人们，居住在这里的赫哲族，元称之为“兀的哥”或“兀的改”，亦有的称“吉烈迷”，这是外族对这一地区民族的称呼。
明朝统治者，对北方诸民族采取怀柔以夷制夷和部人制其部人之策，很重视对东北边疆的管辖。特别是对松花江、黑龙江、乌苏里江流域直达东海滨的治理。明永乐七年（公元1409年）在黑龙江入海口特林，设奴尔干都司，置卫三百八十一、所二十四。为表示明朝对这一地区的关怀，永乐十一年（1413年），在奴尔干地重建永宁寺碑。
明代是女真各部重新组合的民族。明初女真各部的分部是：建洲女真多属渤海遗民，分布在长白山、绥芬河、牡丹江流域之间；海西女真多是金代完颜氏后裔，分布在松花江中游、阿什河（亦即阿拉楚克）流域；野人女真分布在松花江下游、黑龙江中下游、乌苏里江流域。在诸女真中，野人女真势力发展迅猛，和建洲女真在牡丹江下游地区发生了民族战争，建洲女真败北，被迫南迁，中经50多年辗转到辽宁苏克苏护河定居，形成后来满族人的核心。而野人女真在逐出建洲女真之后，各部落亦逐渐统一起来，在原五国部所属地区，形成了后来人们所称的“赫哲族”。
《依玛堪》故事《土如高》把古代赫哲族分为三大部落：“一在萨哈林一带，名佛尔什部落；一在乌苏里江一带，名竹勒什部落；一在松阿里一带，名阿尔奇都部落。竹勒什部落为南部落，佛尔什部落为北部落，阿尔奇都部落为中心部落”（凌春声1930年著：《松花江下游的赫哲族》下册）。这个古代历史传说故事，说的是古代赫哲有南、北、中三大群体，松花江下游作为中心部落这个说法是符合历史实际的。和居住在富锦地区赫哲有来往的北部落，是指原居住在加因县境加因河口处野人女真部族，这部分人后来演变为鄂伦春族；而南部落则是指居住在乌苏里江上游、锡霍特山南部、穆棱河至绥芬河一带的野人女真，这些人的一部分演变为满族人，而另一部分是辗转到松花江上游古肇州和嫩江流域的。早年，松花江下游的赫哲人每隔几年都要到古肇州（现杜尔伯特县）蒙古人那里购置马匹，有时还遇到自己的同族。赫哲老人们一辈一辈传下来“索伦古龙”、“索伦斯勒”、“索伦乃”（汉释为住在西边的人们），后来，到了清代称之为“索伦部”或“索伦营”，建国以后他们自己改称“鄂温克”。
清朝在立国之初，称赫哲族居住的区域为“呼尔哈部”、“窝集部”、“瓦尔喀部”、“使犬部”和“萨哈林部”。
清太祖奴尔哈赤在实施南征中原，推翻明王朝之前，急欲巩固后方，以解后顾之忧。所以，在统一扈伦四部之后，首先不惜用重兵，挥戈北下东进，兼并北方诸部。从1599年-1644的的近半个世纪，对赫哲族居地区用兵征伐达十七次之多。这时起时伏的反复征伐，说明了赫哲诸部，针对清朝曾进行了顽强的不屈不挠的反抗和斗争。1608年呼尔哈路一千多赫哲人围攻重镇宁古塔，给清军以有力的打击。由于清王朝的数次征战，给赫哲族人民的生命财产造成了重大损失，《吉林通志》卷七载：“1660年往征呼尔哈路，攻克扎库塔，斩千人俘二千人”，“1625年往征呼尔哈路，俘获一千五百人”，“崇德七年（1642年）九月，命沙尔虎达、珠玛喇率将往征松阿里（松花江）之呼尔哈部，闰十一月沙尔虎达等遣人还奏：喀尔喀木、遮克特库、塔图库、福提希、鄂尔浑、斡齐奇、库巴察拉、额提齐、萨里、尼叶尔泊十屯人民，俱与招降。于月之初自松阿里旋师”，在此次征伐中“计获男妇幼稚一千六百十九人，牲畜六百三十有奇”。针对赫哲人的多次反抗，康熙帝曾多次召见宁古塔将军训示“黑斤人性暴戾、奸诡，不可信任，尔等善防之，尤须广布教化，多方训迪”（《吉林通志》卷一）。于是在诉诸武力征服的同时，亦多方采取怀柔政策，对各部来降和纳贡的首领设宴招待，赏赐蟒袍财物，封官赐爵，给予田产，无妻室的给以妻并房屋，对有功的赐以世袭官职，或招为附马，实行联姻。清王朝在征服赫哲诸部中采取这些措施，确也收到实效，于顺治元年（1644）正月结束了对北方诸部近半个世纪的兼并战争。
清朝为加强对赫哲族地区所管辖和强化对东北的边防，于康熙五十三年（1714年）建立三姓城（依兰哈拉）置协领衙门。三姓，原名“霍通噶珊”（赫哲语为场寨）是赫哲族葛依克勒、奴业勒、估什哈哩亦称付斯哈拉氏三大氏族的居住之地，因此而名城（汉释为三姓）。清朝在三姓置治所之后，多是任用赫哲诸氏族首领充任要职，行使对其所辖区域的统治。在设治所之始，就将三姓赫哲及后迁来的舒穆鲁氏共一千五百三十余丁编为镶黄、正黄、正白、正红四旗，挑选披甲二百名为甲兵，设世管佐领，世袭佐领四员。又从吉林移来八十名披甲，混合编组为驻防兵丁，设协领一员统辖（《吉林通志》卷五十一兵制）。
镶黄旗，由奇纳林（现为勤得利）赫哲部落首领奴业勒哈拉达堪戴任世管佐领；正黄旗由德新赫哲部落葛依克勒哈拉达扎哈拉任世管佐领；正白旗由锡禄林赫哲部落估什哈哩哈拉达（付斯哈拉）额普奇任世管佐领；正红旗由奇纳林赫哲部落舒木鲁噶珊达崇吉喀任世管佐领。
同江县境，居位于奇齐哈至勤得利沿江各村的赫哲人，在1942年日伪当局实行归村并屯时，为防止通苏，强迫他们迁到远离江边的所谓一、二、三部落。其位置，一部落在勤得利的东南方向的浓江河南岸（现鸭绿河农场的正南四公里处），二部落在勤得利的正南方向浓江河北岸（现浓江农场二十五连正南二华里处），三部落在街津口正南方向青龙河东岸（现青龙山农场场部西南三公里处），各距江边80至100华里不等。这里自然环境极其恶劣，茫茫草原、漂伐甸子、没有道路，通行只能在冬季封冻之后要，居民都住在临时搭盖的大地窑里，每栋住三四户，阴暗潮湿。生活极其艰苦，加上疫病流行，无医无药，在短短的时间就死亡很多人。归部落的总人口是237人，死亡72人，占30.4％。
自清康熙五十三年在三姓置治所之后，赫哲诸部仍维系氏族组织，即“哈达拉”、“莫昆达”或“噶珊达”这一社会形态，处于“捕猎为生”的自然经济。这一时期，其社会历史进程《赫哲族简史》介绍，“已从原始社会末期过渡到阶级社会的门槛”。但据文献记载和赫哲族世代相传的《依玛堪》故事“木竹林”、“葛门主格格”和“萨里比五”等所反映出的社会特征，又从考古发现所印证的，赫哲族社会就已摆脱了原始公社所有制的束缚，进入“军事民主制时期”。到了辽五国部，即进入英雄的铁剑时期，东征西杀，攻城掠池，争夺人口、血族复仇的故事，大都反映这一历史时期的背景。可算是赫哲族古代历史上最为光辉灿烂的一段。到了清朝征服之后，其上层，即“哈拉达”、“莫昆达”多受朝廷册封，以三姓为中心形成了封建贵族集团，受满族的影响，封建社会的统治制度，等级制度自上而下渗透到各个部落乃至家庭。清初在三姓设有专供赫哲族子弟上学的学堂，有相当部分人的子弟上学学习满文，也有的送往当时称为盛京的（沈阳）继续深造，形成了一代有文化的人，他们可任笔贴式、骁骑校、佐领、协领至副都统等各级官员和学校的教习等等。出现了少数大土地占有者，阶级分化明显起来，生产力有了较大的提高。清朝的统治，客观上加速了赫哲族社会历史进程的发展，迅速过渡到封建社会。但由于赫哲族其独特的生产生活方式，经济发展缓慢，特别是到了民国和日本帝国主义侵占的几十年间，因受统治阶级的残酷迫害和种族歧视，这就是人们所看到的直到解放初，在其社会形态中还有着某些原始社会末期的痕迹之所在。
赫哲族人民配合清军有力地反击沙俄入侵者。1652年4月4日居住在黑龙江下游乌扎拉村的赫哲族1000多人配合清军向窜到附近的沙俄哈巴洛夫一伙哥萨克匪徒的营地“阿枪斯克”发动攻击，消灭233个匪徒，哈巴洛夫也受了伤。1858年5月、1860年10月，沙俄政府先后迫使清政府签定了不平等的《中俄瑷珲条约》、《中俄北京条约》。自此，黑龙江以北、乌苏里江以东广大地域划归俄国版图。这样，赫哲族就成为跨国民族，居住在黑龙江下游、乌苏里江以东的赫哲、费雅克、奇雅哈拉（恰喀拉）不甘当沙皇奴仆迁国内者居多。
1945年9月3日，中国人民在苏联红军的配合下解放了东北全境。从此赫哲族人民在日伪反动势力的统治下解放出来，被赶到一、二、三部落的，纷纷返回家园，因家境破产到富锦大屯投亲靠友的有十来户。其时，赫哲族聚居分布情况是：大屯50余户200多口人；混同江沿岸同江、街津口、额图、勤得利、八岔等约计60多户、200多口人；饶河县永安村（亦即七里沁）25户60多口人，总计为460多口人。
解放之初，日伪反动势力和社会上的残渣勾结起来，打家劫舍，社会秩序极其混乱。各赫哲族部落头人和长辈们，进行了广泛的接触和协商，为谋求赫哲人的生存和发展，决定集中迁居于饶河县永安村。1946年2月至5月，富锦大屯之全部（其中有10几户40余人迁返桦川苏苏屯）、街津口和一、二、三部落之绝大部分陆续迁到永安村。其时人口已达八、九十户300多口人。按集体组织生产的方式，划分了狩猎、捕鱼、耕田三大部分，并着手规划村屯、划分宅地、筹建住房和学校。
1948年1月，聚集七里沁村的赫哲族居民，又分别迁到饶河县的西林子村、四排村；建国后又有一部分迁回同江县的街津口村。
1949年10月1日中华人民共和国成立后，赫哲族的历史掀开了新的篇章。
赫哲族也与其他兄弟民族一道走向新生活。作为东北边陲的少数民族，得到了各级党委和政府的关怀与支持，建立了赫哲族行政乡和行政村。几十年来，在各级党委的重视下，大批赫哲族干部走上了各级领导岗位，为祖国的政治和经济建设做出了突出贡献。各个阶层的赫哲人被推选为全国、省、市、县、乡人大代表和政协委员，赫哲族人第一次有了参政议政的权力。赫哲族人用勤奋和智慧为自己赢得了荣誉，许多人获得了各类各级荣誉称号，应邀参加各种庆典活动，有些人还受到了党和国家领导人的亲切接见。在社会主义新中国，赫哲族人真正地成为了国家的主人。
