最晚在明初，达斡尔人分布在西起贝加尔湖，东至牛满河，北至外兴安岭，南达黑龙江南岸的广大地区。据苏联学者莫柴也夫在《中国的东北》一书中考证：“从前达斡尔人居住于贝加尔湖之东。因此，外贝加尔湖地区，特别是石勒喀河和额尔古纳河上游，至今还往往称作达呼里亚地区。”又据《苏联大百科全书》记载：“达呼里亚是一个历史地理区域的名称，在贝加尔湖的东边，一部分在黑龙江流域（到17世纪为止）一直伸展到石勒喀河、额尔古纳河、结雅河（牛满河）和部分松花江及乌苏里江流域。这一区域的名称来自达斡尔族，因为那时候他们即住在西达雅布罗诺威岭（西段外兴安岭——编者）的大部分地区。”明朝政府曾一度在黑龙江北岸特林地方，设置了奴儿干都指挥司和许多卫、所等行政管理机构。
明朝末年，女真族重新崛起于东北。努尔哈赤于1616年建立后金政权，继而开始了征服统一黑龙江流域的战争。至清朝初年，被称为“萨哈连部”、“萨哈尔察部”、“索伦部”的达斡尔、鄂温克等族各部相继归服清廷，被编为“佐领”，岁贡貂皮，在清朝中央政府理藩院和宁古塔昂邦章京（后改称宁古塔将军）的管辖下过着猎、渔、耕、牧的和平生活。
达斡尔族的南迁，始于个别归服清朝的部族首领及其家族。清崇德初年，达斡尔族敖拉氏（敖姓）的呼力尔肯，被朝廷封为三等男爵后，率所属部众，迁到嫩江中、上游两岸（今莫旗、嫩江县境），建立了村屯。1649年（顺治六年）原居黑龙江左岸精奇里江畔的清朝额驸精奇里氏（今金姓）巴尔达奇及家族迁居北京，入满洲正白旗，此为达斡尔族人定居北京之始。
达斡尔族大举南迁嫩江流域，因沙皇对我国黑龙江流域的武装入侵。1643年冬，沙俄雅库茨克统领戈洛文派以波雅尔科夫为首的武装哥萨克“探险队”，首次闯入我国黑龙江流域达斡尔族和平居住区，野蛮地烧、杀、抢、掠，激起达斡尔等族人民极大的义愤，进行了英勇顽强的反击。嗣后，沙俄又几次派出哈巴罗夫等武装深入黑龙江省腹地，进行更大规模明目张胆的武装侵略和物质掠夺，其暴行令人发指。达斡尔族等北疆各族人民进行了长期卓绝的反侵略斗争，作出巨大的民族牺牲，为保卫祖国的领土完整和主权尊严做出了不可磨灭的历史性贡献。达斡尔等族人民反抗沙俄武装侵略的斗争，是我国人民反侵略斗争的光辉一页。
当时的清朝政府因入主中原不久，正在进行统一全国的战争，无暇北顾，不得已动员黑龙江北岸的达斡尔、鄂温克等族迁居内地嫩江流域，以断绝入侵者的粮食等给养，暂保北疆安宁。达斡尔族人民为避战祸，应清政府之命，迫不得已，痛弃家园故土，扶老携幼，渡黑龙江、越大兴安岭，举族南迁至今嫩江流域广大地区。嫩江流域自此成为达斡尔族人民的聚居地。
达斡尔族南迁嫩江流域之初，就有一部分人定居于齐齐哈尔地区。当时清政府以齐齐哈尔屯为中心，任命洪吉、扎木素为“打牲”处（渔猎部落之意）总管等职，管理达斡尔族等军政事务。康熙三十年（1691年）“命选索伦达呼尔人民，披甲驻防齐齐哈尔”（《黑龙江志稿》卷30），其中，从布特哈地方抽调12佐达斡尔人迁驻齐齐哈尔。康熙三十一年（1692年），蒙古科尔沁部向清朝廷交出于天聪八年（1634年）俘获的达斡尔、锡伯等族1.4万余人，清政府议复黑龙江将军萨布素和宁古塔将军佟宝，“齐齐哈尔最为紧要形胜之地，应于席北、卦儿察、打虎儿内拣选强壮者一千名，令其披甲，并附丁二千名，一同镇守齐齐哈尔地方，令副都统品级马补代管辖”（《清圣祖实录》卷155）。康熙三十八年（1699年），黑龙江将军从墨尔根城移驻齐齐哈尔，并设齐齐哈尔副都统衙门。在齐齐哈尔八旗所辖佐中，达斡尔族共16佐。雍正十一年（1733年），“议复黑龙江将军卓尔海奏言，挑选布特哈打牲人一千名，令往齐齐哈尔地区城北本尔得地方居住，编为八旗”（《清世宗实录》）。原居和后几次派驻齐齐哈尔地区的达斡尔族官兵及其家属的后代形成了现在的齐齐哈尔达斡尔人。齐齐哈尔达斡尔人因地处平原，更接近内地，多从事农业，其经济和文化发展水平也较高。
康熙二十八年（1689年），中俄签订《尼布楚条约》，额尔古纳河成为中俄界河，呼伦贝尔地区成为国防重地。雍正十年（1732年），清政府办理军机大臣等遵旨议复，“相视呼伦贝尔附近之济拉嘛泰口处，地方辽阔，水草甚佳，树木茂盛，可以种地筑城，请拣选索伦、打虎儿、巴尔虎、鄂伦春之兵三千名，迁移其地，将伊等编为八旗”（《清世宗实录》）。在新编呼伦贝尔八旗50佐中，迁自布特哈地区的达斡尔族人共26佐，730名兵丁。后因呼伦贝尔地方气候极寒，不易耕种，几经奏请，于乾隆七年（1724年）获准，26佐达斡尔人全部迁回布特哈原籍。其中少数为官者及家属仍留在呼伦贝尔。后清末、民国初年及东北沦陷时期又有一大批达斡尔人陆续迁居呼伦贝尔地区，他们共同形成了现在的海拉尔达斡尔人。
17世纪80年代，新疆额鲁特准噶尔部首领噶尔丹反清。至1757年，清军相继击败噶尔丹及其后继者策妄阿拉布坦、阿睦尔撒纳军。在长达半个世纪的征战中，达斡尔官兵参加多次战役。战斗结束后，以3年为期，实行轮换驻防制度。乾隆二十八年（1763年），为免去长途跋涉之苦，清政府决定选派达斡尔、鄂温克、锡伯等族官兵携带家眷迁驻新疆伊犁地区。同年秋，布特哈地区达斡尔、鄂温克、锡伯等族官兵，携带家眷，分南、北两路，远赴新疆。途经千辛万苦，分别于第二年、第三年抵达新疆。到达伊犁后“索伦在奎屯萨玛尔地方游牧，达虎尔在霍尔果斯河一带，建盖房屋居住种地”（《西陲要略》）。达斡尔族人被编为索伦营左翼4旗。同治初年，新疆达斡尔人因战乱突围至塔城地区。同治十二年，曾有回返布特哈故乡之举，因中途受阻，辗转数年，又返回塔城地区。新疆达斡尔人为保卫和开发建设祖国西北疆做出了卓绝的贡献。
嫩江以西今莫旗所辖地区，自清初就是达斡尔族集中居住的地区，历史上称为西布特哈。清末，清政府开禁招垦，大批汉族等农民、工匠、商人涌入布特哈地区。而嫩江东岸的东布特哈地区因放禁较早而首当其冲。移入农户大量毁草、毁林开荒，部分达族村屯的土地、牧场、山场被抢占、破坏，达斡尔族人传统的牧、猎、渔、农业生产受冲击。民国以后，该地区相继实行县制，捐税繁多，加之民族压迫、阶级压迫日益加剧，社会治安混乱，盗匪猖獗，达斡尔族人民的生产和生活难以维系。嫩江东岸的达斡尔等族人民怀念从前较为安定的自然生活方式，相继举村迁居嫩江西岸今莫旗地方。首先西迁的有德都勒、温察尔、塔文浅、哈力等屯的人们。东北沦陷时期，沿嫩江沿岸居住的多金、都尔本浅等屯的人也相继迁居嫩江西岸。从此，今莫旗地方就成为全国达斡尔族最集中的地区。
17世纪80年代，新疆额鲁特准噶尔部首领噶尔丹反清。至1757年，清军相继击败噶尔丹及其后继者策妄阿拉布坦、阿睦尔撒纳军。在长达半个世纪的征战中，达斡尔官兵参加多次战役。战斗结束后，以3年为期，实行轮换驻防制度。乾隆二十八年（1763年），为免去长途跋涉之苦，清政府决定选派达斡尔、鄂温克、锡伯等族官兵携带家眷迁驻新疆伊犁地区。同年秋，布特哈地区达斡尔、鄂温克、锡伯等族官兵，携带家眷，分南、北两路，远赴新疆。途经千辛万苦，分别于第二年、第三年抵达新疆。到达伊犁后“索伦在奎屯萨玛尔地方游牧，达虎尔在霍尔果斯河一带，建盖房屋居住种地”（《西陲要略》）。达斡尔族人被编为索伦营左翼4旗。同治初年，新疆达斡尔人因战乱突围至塔城地区。同治十二年，曾有回返布特哈故乡之举，因中途受阻，辗转数年，又返回塔城地区。新疆达斡尔人为保卫和开发建设祖国西北疆做出了卓绝的贡献。
